Il est le fils de l'écrivain Henri Queffélec, le frère de la pianiste Anne Queffélec et du mathématicien Hervé Queffélec. Tout en résidant à Paris, il a gardé de fortes attaches en Bretagne notamment à l’Aber-Ildut. Amoureux de la mer et de sa Bretagne, il fut stagiaire dès 1962 puis moniteur à la célèbre école de voile Jeunesse et Marine et il a pu naviguer avec Éric Tabarly.
Il n'entame véritablement sa carrière d'écrivain qu'en publiant à 32 ans une biographie de Béla Bartók. Quatre ans plus tard, il reçoit le prix Goncourt pour son roman Les Noces barbares. Il est l'auteur de nombreux romans et d'un recueil de poèmes. Il y décrit des personnages passionnés en mal d'amour.
Retrouvez le documentaire sur Yann Queffélec réalisé par Philippe Baron sur KuB : Yann Queffélec, l'océan, les mots.